Quina diferència hi ha entre l’alineació global i la local?


Resposta 1:

Suposem que teniu dues cadenes:

abcdefghijkazzzzzdefzzzk

L’alineació global us proporciona un alineament de les dues cadenes amb la distància d’edició mínima:

abc- - -defghijkazzzzzdefzzz-k

Aquesta alineació, tot i que interessant, afegeix molt soroll respecte a l’alineació. Teniu extensions d'elements, eliminacions i canvis difícils d'analitzar. Estaria bé tenir un algorisme que tornés només el subconjunt de l’alineació que és més similar.

L’alineació local fa exactament això. Ofereix una alineació de subconjunts de les cadenes inicials que tinguin la distància d'edició mínima. A l'exemple anterior, l'alineació seria:

defdef

Entenc que, en aplicacions biològiques, l’alineació local sol ser més útil. Per exemple, si voleu comparar dos cromosomes per trobar gens comuns, l’alineació local proporcionaria més informació directament sobre seqüències d’ADN que probablement siguin gens.